最初にしなくてはならなこと、それは「テーマ」を決めることです。
「何のサイトにするか」
これをしっかりと押さえておいてくださいね。
あれもこれもと詰め込みすぎると、あとでごちゃごちゃしたサイトになってしまいます。
（↑私も以前はすごいことになっていました…）
まったく異なる複数のテーマでサイトを作りたいのならば、いっそうのことサイトを分離させてしまったほうが、あとあとよいかもしれません。

ちなみに、私は今のところ４つのサイトを持っており、それぞれ独立させました。昔は１つだったんですけどね（遠い目）。

なお、個人サイトの場合は必要ないかもしれませんが、企業サイトを作成する場合についてちょこっとご紹介。
まずはじめに、次のようなことを把握する必要が出てきます。