ディレクトリとは、いわゆる「フォルダ」にあたるものとなっています。
Ｗｅｂサイトを制作する際は、このディレクトリの構造、つまりサイトの構造をあるていど認識しておいたほうがよいでしょう。なぜならば、ディレクトリ構造を知ること＝サイトの構造をしることにつながるからです。

具体的例を見ていくために、またしても自サイトを生贄に出します（笑）。
『竹林奇譚』　http://www.tikurin.que.jp/

このサイトの構造はどうなっているのか見てみましょう。とはいえ、全部書くと恐ろしいことになりそうだったので、「全体のトップページ」「本編」「登場人物紹介」「掲示板」これにしぼり、さらにわかりやすくするため、説明しやすいファイルのみを使って構造図を描いてみました（しかも一部ファイル名は変えています）。

このサイトの中で一番階層が上なのはＴＯＰページ(index.html）です。その下に、登場人物（chara)、本編（novel）、掲示板（bbs）といったような階層があるわけです。

Dreamwaverという、実際にサイトを制作するソフトで見てみると、このサイトはこんな感じになっています。

「本編（novel）」のところだけでこんな感じ。全部表示は無理です。多すぎて。
ちなみに私が管理しているサイトの中では、一番ファイル数が少ないサイトです。多いとファイル数は5000を越えますから…。

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それでは、実際の現場でディレクトリ構造の概念が出てくるのは、どういったところでしょうか？　
１つはサイトマップ作成のとき。どこにどのファイルがあって、どことリンクしていて、ここのアドレスはこうなって…とまとめるときに、ディレクトリの構造、つまり、サイトの構造がわかっているに越したことはありません。

あとは、会社にもよるかと思いますが、以前の会社ですと、制作会社から、クライアント側に最終納品される際、テストサーバーのどのファイルを更新しました、という連絡をします。
その際に、こんな書き方をするわけです。
【更新ファイル】
index.html
bbs/bbs.cgi
chara/01.html
chara/imageフォルダ内すべて
などなど…。

まあ、ここまで言っておいてなんですが、よほどＷｅｂに突っ込まない以上、あまり細かいところまでは、正直把握していなくてもいいかもしれません。
ただ、「このコンテンツはこのディレクトリ内に収納」ということを認識しておく必要はあります。
これを認識せずに、制作会社にまかせっきりにしてしまうと、コーナーも何もかもすべてめちゃめちゃに１つのディレクトリ内に詰め込んでしまって、あとで目的のファイルを探そうにも見つからない！なんてことになりかねません。
どこに何があるのか、だれが見てもわかる状態に整理しておくことが、何よりも大切なのです。
そのためにも「ディレクトリ」ということを、ある程度は意識しておきましょうね、というお話でした。